由于提出兴建九一一国家纪念博物馆计画的基金会与实际负责建筑的纽新航港局(Port Authority of New York and New Jersey)发生财务争执，六个多月来，兴建工程几已陷于停顿。纽约时报2日报导，所有各方认为，博物馆将不可能于今年及时完工，对外开放。

问题的焦点在于：「世贸中心九一一国家纪念博物馆基金会」应为花费超出原定计画及周边的基础设施，负担多少钱。航港局说，基金会应负担3亿元。但基金会表示，它一分钱都不付，因为航港局拖延博物馆广场揭幕，使它蒙受1亿元损失。

双方仍在进行谈判，但航港局已在去年底停止相关工程的发包，兴建工程几已停顿。

基金会表示，它预定的纪念博物馆总预算为7亿1000万元，将经由私人捐款、州政府援助、曼哈坦下城开发公司筹足。但没有人预期航港局将吸收额外的帐单。

除了兴建成本，基金会还需筹措每年管理和维护博物馆的经费(大约为5500万至6000万元)。某些费用可用出售门票的收入弥补，但基金会尚未决定是否要收门票。

纽约时报指出，政界人物的自我意识强烈，各有不同的政治计画，使得这个问题更加复杂。基金会的主席是纽约市长彭博，而航港局是由纽约州长葛谟和新泽西州长克利斯蒂控制。